>1.Для чего в титуле Романовых есть уточнение по
>Новгороду-"нижеземский"?

Для того, чтобы не путать с "новгородским":
Полный титул Николая II как императора: «Божиею поспе́шествующею милостию Николай Вторы́й<прим 3>, император и самодержец Всероссийский, Московский, Киевский, Владимирский, Новгородский; царь Казанский, царь Астраханский, царь Польский, царь Сибирский, царь Херсонеса Таврического, царь Грузинский; государь Псковский и великий князь Смоленский, Литовский, Волынский, Подольский и Финляндский; князь Эстляндский, Лифляндский, Курляндский и Семигальский, Самогитский, Белостокский, Корельский, Тверский, Югорский, Пермский, Вятский, Болгарский и иных; государь и великий князь Новагорода низовския земли́, Черниговский, Рязанский, Полотский, Ростовский, Ярославский, Белозерский, Удорский, Обдорский, Кондийский, Витебский, Мстиславский и всея Северныя страны́ повелитель; и государь Иверския, Карталинския и Кабардинския земли́ и области Арменския; Черкасских и Горских князей и иных наследный государь и обладатель, государь Туркестанский; наследник Норвежский, герцог Шлезвиг-Голштейнский, Стормарнский, Дитмарсенский и Ольденбургский и прочая, и прочая, и прочая».


>Логично предположить,что существовал и другой Новгород.

Разве Ярославль не в низовой земле находился?
Какой из двух считать Новгородом низовой земли?


>2.Раз есть Нижний Новгород,то логично предположить,что был и
>другой Новгород на Волге,и он точно не нижеземский.

Почему не верхний город на Волге?
https://ru.wikipedia.org/wiki/Вышегород_(Тверская_область)