Нил
>раньше регулярно разливался и затапливал все окрестности, то
>все вопросы отпадают - иногда на Ниле случались такие паводки,
>которые приводили к затоплению более высоких мест.

Вода оставляет следы.
Паводок ли, наводнение, потоп... Без изучения грунтов на раскопках говорить что-либо о причинах "закопанностей" вряд ли рационально. Вода приносит органику: траву, ветки, ракушки, рыбок, ил с микроорганизмами, и не органику: минералы, соли, нехарактерные для данной местности соединения и пр. Специалисты расскажут лучше.
Сильно сомневаюсь, что кто-то изучал этот вопрос. Также, сильно сомневаюсь, что сравнивался состав слоев песка и глины и откуда именно его нанесло песчаными бурями вместе с обломками камней.