Выражение А.Т.Фоменко благодарности в адрес И.Д.Ковальченко вовсе не означает, что историк хвалил идеи А.Т.Фоменко или что, тем более, он их поддерживал.

Естественно, я не хочу и никогда не обвинял данного историка в лживости и недобросовестности.
Но, его работы, за исключением трудов по методологии, посвящены эпохе XVIII—XX вв., а не тому времени, пересмотру истории которого посвящены работы по НХ.
Стоит заметить, что И.Д.Ковальченко имел отношение к проблеме применения математических методов в исторической науке.

"А.Т.Фоменко выступил с докладами о новых методах датирования на научных математических семинарах академика В.С.Владимирова, академика А.А.Самарского, академика О.А.Олейник, член-корреспондента С.В.Яблонского, а также на научном семинаре по истории академика И.Д.Ковальченко. Надо сказать, что академик историк И.Д.Ковальченко, специалист по применению математических методов в истории, относился к предложенным методам с большим интересом и считал, что историки должны глубже разобраться в вопросах хронологии".
http://chronologia.org/seven1/add.html

Разумеется, в связи с научным интересом к применению математических методов в исторической науке И.Д.Ковальченко и относился к новым методам с интересом и правильно считал по поводу компетенции историков в вопросах хронологии.

"В 1980 году иду на исторический факультет МГУ, к историку Ковальченко Ивану Дмитриевичу (1923-1995). Потом, в 1987 году, он стал академиком и затем - академиком-секретарем Отделения истории Академии Наук. Он читал на ист-факе курс "О применении количественных методов в историческом исследовании". Поэтому я и предложил ему познакомиться с моими математическими методами в хронологии и организовать научное сотрудничество. Замечательно, что он заинтересовался, вник в суть нескольких моих идей и результатов, и активно поддержал идею внедрения в историю математических методов датирования событий. Сам он хронологией не занимался, был специалистом по экономической истории, руководил лабораторией количественных методов в истории на ист-факе МГУ".
http://chronologia.org/kak_fomenko/every_store_3_07.html


Но, видимо, рассмотрев данные новые методы подробнее, историк все понял.

Это, собственно, подтверждает и сам А.Т.Фоменко:

"1985 год

Мой доклад на 4-й Международной Вильнюсской конференции потеории вероятностей и математической статистике с изложением новых математико-статистических методов датирования (см. публикацию в этом же году).

В этом году историк И.Д.Ковальченко был вынужден отшатнуться от меня и новой хронологии. Его заставили. Как мне потом объясняли, дело было в том, что он выдвигался в академики, и некоторые коллеги ему сказали прямо: «Хочешь стать академиком, отрекись от Фоменко и от своих связей с его исследованиями. А лучше всего, публично осуди Фоменко».
И Иван Дмитриевич, скрепя сердце, послушался. И вскоре после этого его действительно избрали в Академию, а именно, в 1987 году. А по отношению ко мне он поступил так. В 1985 году состоялись Ломоносовские Чтения в МГУ. Как обычно, они открывались двумя пленарными докладами. Традиционно – от естественников и от гуманитариев. От естественников в этом году предложили мне, а от гуманитариев - И.Д.Ковальченко.

Мною был заявлен доклад о топологической классификации интегрируемых

динамических систем. Это была новая математическая работа, представляющаяся мне важной. А Ковальченко заявил доклад о математических методах в истории. Торжественное заседание и оба пленарных доклада были в малом Актовом зале МГУ, в Клубе ГЗ (зал Дома Культуры). Заседание вел ректор Виктор Антонович Садовничий. Большой зал целиком заполнен. Мы сидим в Президиуме. Сначала слово дают Ковальченко. По окончании доклада, в котором он рассказывает о деятельности своей лаборатории, ему передают из зала какую-то записку с вопросом. Он на нее почему-то не отвечает сразу, а идет на свое место в Президиуме. Навстречу ему выхожу я, поднимаюсь на трибуну. Делаю доклад, отвечаю на вопросы и возвращаюсь в Президиум.

И тут неожиданно Иван Дмитриевич поднимается и говорит в микрофон:

"Я получил записку и хочу на нее ответить". Идет обратно на трибуну и оглашает вопрос: "Как Вы относитесь к новой хронологии Фоменко?" И Ковальченко начинает довольно длинное выступление. Он осуждает недавнее неквалифицированное вторжение математиков в историю, осуждает меня и т.п. Надо сказать, что выражения он выбирал аккуратные, не очень резкие, в отличие от некоторых других своих коллег. Но тем не менее, четко осудил меня и отмежевался. Сказал, что его лаборатория количественных методов в истории на ист-факе МГУ не несет никакой ответственности "за Фоменко", что "мы не виноваты в распространении этих опасных идей" и т.п. Я молча сидел в Президиуме, понимая, что ответить мне не удастся: таков регламент этого заседания. Ведь мое выступление уже состоялось, и на все вопросы, поступившие ко мне, было уже отвечено. Выходить же теперь снова, после неожиданного выступления Ковальченко, означало нарушать традицию данного пленарного заседания.

Стало понятно, почему Ковальченко не ответил сразу на поданную ему записку (не исключено, что она была заранее с ним согласована). Он подождал, пока я выступлю и сяду на место. Хотел избежать моего ответа ему после моего пленарного доклада. В общем, я не сталнагнетать обстановку и решил не ввязываться в пустую дискуссию. Ковальченко кончил, оглянулся на меня, сошел с трибуны, но не вернулся в Президиум, где наши стулья стояли рядом, а спустился в зал. В.А.Садовничий тут же закрыл заседание.

Так получилось, что больше с Ковальченко мы, к сожалению, ни разу не встречались. Впрочем, мне несколько раз передавали разные люди, что после своего избрания в академики в 1987 году он через некоторое время захотел со мной снова увидеться и поговорить. В частности, он побеседовал с Г.В.Носовским и вновь выразил интерес к нашим новым исследованиям и результатам. Однако ввиду острой нехватки времени мне не удалось тогда с ним встретиться, а в 1995 году он умер. Кстати, никакого неудовольствия на него я никогда не держал, напротив, - всегда глубоко уважал. Считаю, впрочем, что он сам упустил редкую возможность более активно включиться в наше научное открытие. Ведь не всегда и не всем ученым выпадает такой счастливый случай. А Иван Дмитриевич прошел мимо".
http://chronologia.org/kak_fomenko/every_store_3_11.html