>Споры вызвало употребление звания "академик". Мне кажется,
>что правильным было бы в тексте употреблять "академик
>А.Т.Фоменко".

Я считаю, что все зависит от контекста. Например, в таком контексте - "комментарии академика А. А. Зализняка по поводу ответа А. Т. Фоменко на его статью" - надо либо добавить звание АТФ, либо убрать его у ААЗ.