>основа слов МеНьшой просто более поздняя форма, чем та, от которой >произошло НеМец (и другие его более старые словоформы).

То есть сохранение старой (левосторонней) формы записи некоторых корней при изменении направления чтения.

Возможно, сюда относится и пара МЕНа-НЕМа.