http://news.google.com/newspapers?nid=1955&dat=19581123&id=2RErAAAAIBAJ&sjid=IJwFAAAAIBAJ&pg=1762,4074386 статья 'Roosters on church steeples' (газета Reading Eagle - Nov 23, 1958 Pennsylvania, USA)
краткий перевод статьи:
Петухи на шпилях церквей
Пишут, что шпили церквей украшались не только крестами, но и др. символами, напр., трубящим ангелом, но также и флюгерами. В Ватерлоо в Пенсильвании есть две церкви с медными петухами на шпиле, обе протестантские (строились немецкими иммигрантами в 19 в.). Предполагают, что это ввели протестанты еще в начале Реформации, чтобы отличаться от католиков. И чтобы напомнить каждому, что Петр отрекся от Христа накануне распятия, о чем, как сказано в библии, возвестил петух, прокукарекав.
http://ru.wikipedia.org/wiki/Отречение_апостола_Петра
В языческие времена петух ассоциировался с пророчествами. И в некоторых частях протестантской Европы шпили с петухами относительно распространены. Некоторых петухов устанавливали на шаре, который символизировал собой мир (world).

Кстати, "флюгер" по-английски weathercock или даже просто cock, т.е. петух. По-немецки то же самое, wetterhahn (hahn - петух).
http://commons.wikimedia.org/wiki/Weather_vane?uselang=ru фото флюгеров, в том числе и в виде петухов.
http://commons.wikimedia.org/wiki/Category:Tower_roosters здесь также

Хотя не факт, что петухи только на немецких протестантских церквях. Напр., Римско-католический Нотр-Дам де Пари тоже несет на себе петушка:
http://www.cathedraledeparis.com/The-spire Хотя известно, что петух - символ Франции.