Прага, как и Париж являются разновидностью морфемы "бург" - берег

Это все "города-бурги" типа Гамбург, Бургас, Варшава, Брюгге, Берг, Барселона, Гетеборг и т.п.

Подавляющее большинство подобных топонимов определяют объект расположенный на берегу водоема.