Плоха та теория, которая даёт картину в общем, но ничего не объясняет в частностях.
Если моя теория верна, то общая картина должна была быть примерно такой. Словарный состав праязыка нарастал экспоненциально. То есть, длительное время слов катастрофически не хватало. Что отсюда следует?
Первое. Выбирались все мыслимые сочетания освоенных на тот момент звуков. Если сейчас в качестве слов используется жалкая доля процента возможных сочетаний звуков (где-то у меня была эта цифра, если найду, уточню), то в то время этот коэффициент был близок к единице. Как это наблюдается в современном языке? Высокая концентрация слов с большой общностью значений вокруг первого пракорня.
Второе. Язык определяется не только своим словарным запасом. Но все конструкции языка вторичны по отношению к нему. То есть, они закрепляли уже стихийно сложившиеся к тому времени закономерности. При этом действовал естественный механизм: максимальный эффект при минимальных усилиях. Но если язык не искусственный, то всё подогнать под определенные правила просто невозможно. Спрашивается, где будут сконцентрированы основные аномалии языка, исключения из правил? Разумеется, в самых древних словах. Новые-то уже создаются с учетом правил, никто не хочет лишних проблем. Есть в русском языке аномалии и исключения из правил? Риторический вопрос. :-) Где лежат эти аномалии? Посмотрим...
Из последнего, кстати, вытекает вполне такой практический инструмент. Мне иногда говорят, что русский язык это недавно образовавшаяся смесь нескольких других языков. Если это так, то имеет смысл посмотреть из какого именно языка пришла основная часть аномалий. Этот язык и должен быть ближе к праязыку, его-то в первую очередь и надлежит внимательно исследовать.

"Явления языка" буду условно нумеровать, чтобы потом проще было структурировать. Но в их последовательности пока логики никакой нет.

Явление 1
Свободный порядок слов в предложении. Это нельзя назвать рациональным решением, поскольку сильно усложняет язык. Но в условиях острой нехватки слов это позволяло придавать им новые смыслы. Впоследствии обернулось необходимостью создания сложной системы согласования слов в предложении.