Еще раз смотрим - см. http://s47.radikal.ru/i117/1010/67/d17899fd0ade.jp g - на фрагмент

civitas quae dicitu
rut ubiportus agente anglorum
nunccorrupte caestir vocata

Фрагмент "diciturutubiportus" транскрибируется как

dicitur Rutubi portus

То есть значок над буквой "t" (последняя буква в 3-й строке фрагмента) интерпретируется как сокращение "-ur". Поэтому следующая буква "r" (первая буква в 4-й строке фрагмента) относится к следующему "ut". То есть возникают 2 буквы "r".

Однако можно прочитать и так, что значок - это имитация "u", а следующая "r" относится к тому же слову "dicitur". То есть буква "r" не удваивается, а транскрипция становится такой

civitas quae dicitur ut ubi portus a gente anglorum nunc corrupte caestir vocata

Эта фраза переводится безо всяких "рутубиев":

город именуемый как где порт народ англов ныне искаженно крепостью называет

И имеет однозначный смысл: "город, именуемый как «где порт» (то есть «портовое место» - Здравомысл), а народ англов ныне искаженно называет его крепостью".

Ради полноты картины стоит отметить также оборот ubiportus=«где порт». Он характерен для угорских языков (привет Олегу Ракшину) при даче названий местности - "кува что-нибудь"(угорск.)="где что-нибудь"(рус.)

Да и само слово "ubi" - это искаженное "кува"

кува ---> хува ---> ува ---> уби

То есть название месту вполне могли дать выходцы ab Ruthenia