думаю, что слово "место" в документе надо понимать в правовом значении:

"орган управления, учреждение, должностное лицо".

то есть в данном случае речь идёт об учреждении "органов власти, присущих населённому пункту со статусом города". То есть генерал-поручику Кошкину поручено создать и возглавить "место" - Губернский город и Наместничество.

Неволин в Своей Энциклопедии (т.6 Собр Соч.) показывает, что понятие "город" менялось со временем на Руси.

так что от города - крепости (огороженное место) изначально пришли к городу как административному центру с органами управления.