Сам автор карту мог максимум рисовать. И набирать и печатать автор ее не мог - это делали печатники и подмастерья. И у них - как и сейчас далеко не всегда руки могли расти из нужного места. Этим вполне может объясняться как отсуствие символа города на месте Новгорода, так и пририсованный кружок - на его месте.

При этом карта 1571 года - уже с Новгородом. Очевидно Герберштейн проследил чтобы на сей раз руки расли из нужного места.