Поступим по английски.Начнем с конца сообщения.Благо наш родной язык это тоже позволяет.И так:

\\Теперь к Онеге. Все же - как Вы думаете, была Онега во время Герберштейна или нет? Гадкая википедия говорит что-то о 10-12 тысячах лет..\\
Была-была и цвела Онега во времена Герберштейна-мое личное мнение.А так же,возможно,что сам Герберштейн думал,что в его время об Онеге ничего не знают,а может и сам о ней ничего не знал.

\\Впрочем я готов подумать и о версии что за прошедшие 450 лет - они убежали на северный.\\

Экзотическая версия.Широта Ваших взглядов поражает.С Вами приятно иметь дело.

\\Валаамского архипелага я на карте не заметил. Если Вы под ним имеете в виду острова на Ладоге - то они находятся недалеко от южного берега.\\

Уважаю,за то ,что Вам не лень было проверить по современной карте голословное утверждение некого ОССа.Действительно,в 15км на северо-восток от истока Невы есть группа островов "Зеленцы".Хорошо видно в бинокль,а иногда и просто на выпуклый глаз.
Может это звучит странно,но не смотря ни на что я именно ВЕРУЮ в Вашу интуицию исследователя.
И так,примем за рабочую гипотезу,что Герберштейн Зеленцы видел в относительно небольшой акватории бухты "Петрокрепость" на фоне берега в дымке.Он это честно отразил на КАРТЕ.А потом его посудина пошла на юг и восток по реке Волхов до самого Новгорода.
Правда, в этом течении эта река называется Старо-Ладожский канал!
Правда,прокопан он аж при матушке Екатерине!!!
Абсолютно серьезно,считаю,что эта всего лишь гипотеза(заметьте наполовину Ваша) вполне работоспособна.А Вы как думаете?