Доля истины (как минимум) в этом есть. Я давно уже провожу здесь ту мысль, что изрядная часть якобы фонетических «казусов» (типа любимого лингвистами регулярного перехода звуков) порождена исключительно письменностью. А она, в свою очередь, связана с субъективным фактором и, в частности, регулярно испытывала административное давление. Это уже политика. Отними у народа его язык - и ты лишишь его корней, подавишь его коллективную волю. Дай им свой язык – они станут частью тебя.

Что касается конкретного вопроса, то да – указанные звуки вторичны, что отчасти видно по моей схеме:
http://www.chronologia.org/dcforum/DCForumID18/22.html#318
и потому действительно могли реально «самоопределиться», «получить независимость» достаточно поздно и даже уже в письменную эпоху. Насчет замены их «простым удвоением» - не знаю, разбираться надо. Вероятно, что в каких-то случаях нюансы произношения просто игнорировались, в каких-то возможно и прибегали к удвоению. Как, скажем, звук Ш в английском, то просто S, то приходится рисовать SH.

По примерам:
розалиЯ – роксалАНА – это юсовский феномен;
руЗана – роКСалана, Славяне – СКлавены, греческая буква «кси» и т.п. вещи – это, как мне кажется, некий тесный клубок вопросов, который можно было бы размотать, потянув, напрямер, за ниточку «лишней» латинской буквы С.

Что касается буквы Ф, то историйка весьма интересная. Посмотрим по моей схеме на клубок У-В-Ф-Б-П. Это латинские U-V-F-B-P. Греческие Υ-Β-Φ-Π. Русскому языку Ф была не нужна. Обходились. В латыни сначала не различали U и V. В греческом Β - то ли «бета», то ли «вита». Т.е реально получается, что в каждом из языков некий недобор по этой группе, который восполнился уже в эпоху письменности. Соответственно, следует ожидать, что и артикуляция однозначно определилась уже в это время.