Геракл вроде как не настоящее имя героя, а прозвище:
по wiki:
"При рождении был назван Алкидом (Ἀλκείδης )."

Видимо -кл - суффикс, т.е. ГЕР-АКЛ и ГЕР-ой одного корня.
Неясно, что первичнее, но родственники.

В обоснование гипотезы, есть еще похожее по конструкции имя:
ПАТРОКЛ. Тут более прозрачно: ПАТР-ОКЛ, где ПАТР - отец.