В целом, верное направление поиска. В древности, изначально, словарный запас был небольшим. Часто одно и тоже слово имело разные значения, вплоть до явно противоположных. В устной речи значения слов понимались по тону произношения. Какой-либо согласный произносился чуть звонче, или же чуть глуше. А гласный звук чуть протяженнее, или чуть короче.

А каким образом передать на письме интонацию? Никак её не передаш. Разве что, например, звонкую форму одного и того же согласного звука обозначить одной буквой, а глухую форму того же звука - другой буквой.