*Имеется в виду, что одно и то же слово произносилось по-разному.
«Вера-Вира-Вяра» говорят русские, украинцы и поляки. Смысл один. Расхождение в одном звуке. Выбрать одно из трёх (Е, И или Я) - ущемить интересы остальных групп. А если поставить общий знак-букву Ѣ, то написание (вѢра) будет единым для всех! А там уже произносите каждый на свой лад…
И правительственный наказ "стоять до конца за вѢру нашу" уже не надо было переписывать для каждого диалекта заново с другими буквами. Никаких разночтений.*

В начале, на мой взгляд, произношение было одно. Это позднее некая группа людей стала вместо вѢра произносить вИра , а другая вместо вѢра стала произносить вЯра.

Кстати Вы выбрали очень удачный пример!

ВЕРА:

Происходит от праслав. формы, от которой в числе прочего произошли: др.-русск., ст.-слав. вѣра (др.-греч. πίστις), русск. вера, укр. вiра, болг. вя́ра, сербохорв. Bjȅpa, словенск. véra, чешск. víra, польск. wiara, в.-луж., н.-луж. wjera. От общего индо-европейского *wēr- (истина), вероятно, также произошли авест. var- «верить», varǝna- «вера», осет. urnyn «верить». Далее, вероятно, сюда же др.-в.-нем. wâra ж. «правда, верность, милость», др.-исл. vár «обет, торжественное обещание», др.-в.-нем. wâr «правдивый, верный», др.-ирл. fír «правдивый, истинный», лат. vērus «истинный, правдивый», готск. tuzwērjan «сомневаться», unwērjan «досадовать», нем. wahr. Использованы данные словаря М. Фасмера;

http://ru.wiktionary.org/wiki/вера

Здесь, как ни странно, наиболее близко к исходному вѢра немецкое wâra.
У немцев точки над А (и другими гласными звуками) - это : Умля́ут или реже умла́ут (нем. Umlaut).

Буквы с умлаутом можно заменять дифрагами: ä — ae ; ö — oe ; ü — ue . В именах собственных умлауты обычно не пишутся, а используются только дифраги. В готическом шрифте умлаутов не было. Просто вверху подписывали маленькую буковку е.

Происносятся умлауты следующим образом :

ä — как э в начале слова и после гласных, е — после согласных
ö — положение языка как при э, а губ — как при о
ü — положение языка как при и, а губ — как при у

То есть немецкое wâra почти в точности также, как наше вЕра. А буква Ѣ , по всей видимости, изначально служила для обозначения дифрага ae. Звука А произносимого с оттенком Е.