<<<<< "Сегодняшние гласные могут резко отличаться от древних гласных звуков.
До сих пор, в некоторых иностранных языках существуют промежуточные между нашими гласные звуки. Отчасти, и согласные тоже,- например, гортанные. Тот же гласный "ять" до сих пор остается загадочным, потому как неизвестно, как он произносился в древности.>>>>>>

Вот именно, что изменились не только гласные, но и согласные в словах. Все ваши рассуждения могут претендовать на правильность при условии, что вы сначала обоснуете, что слово ПЧЕЛА не изменилось с тех пор, как оно возникло. Слово ПЧЕЛА - древнее, поэтому нынешняя форма "пчела" - сильно изменена от первоначальной.

Например, Омо́нимы (от др.-греч. ὁμός — одинаковый и ὄνομα — имя) — одинаковые по звучанию и написанию, но разные по значению слова, морфемы и другие единицы языка

Дробь – барабанная; математическая; ружейная
Лук – оружие; растение
Раздел – снял одежду; глава в книге
Брак – некачественная работа; свадьба
Ласка – доброта и нежность; животное
Норка – жилье животного; животное

Одно написание, но произошли от разных слов. По вашему методу омонимы должны иметь одно значение, потому что написание одинаково.

Аналогично существует огромная масса слов: Омографы — это слова с одинаковым написанием, но разным произношением и разным значением. Этимология омографов также не может объясниться с помощью "метода разбиения слов на логически-смысловые элементы" с дальнейшим объяснением смысла слова путём представления слова как сумму логически-смысловых элементов, потому что вашим методом получим, что омографы должны иметь одинаковое значение, потому что имеют одинаковое написание.

Атлас и атлАс
мУка и мукА
вИна (индийский муз. инструмент) и винА
кИрка (лютеранская церковь) и киркА (строительный инструмент)
Орган и оргАн
хлОпок и хлопОк