)))Омо́нимы (от др.-греч. ὁμός — одинаковый и ὄνομα — имя) — одинаковые по звучанию и написанию, но разные по значению слова, морфемы и другие единицы языка))))

Омонимы по-всякому могли образовываться. Например, изменилось произношение одного или двух каких-то слов, которое и сблизило их фонетически. А с другой стороны фонетическое сходство слов может быть следствием их какого-то общего признака. Например, слово "дробить" предполагают образование маленьких частей, но, ведь, барабанная дробь - это серия коротких (маленьких) звуков, математическая - деление на части, а ружейная - маленькие шарики. Конечно, каждый омоним надо рассматривать по отдельности.

Рассмотрим, например, слова "нора" и "норка". Конечно, норки в норах, как, например, лисы, не живут, но дело в том, что слова "нора" образовалось от слова "нырять" (животные, как бы, ныряют под землю), а слово "нырять" связано с санскр. nīra - вода. А, ведь, норки в природе как водные животные не только живут возле воды, но и свои гнезда строят на выступающих кочках посреди воды, чтобы в случае опасности скрыться в ее глубине (нырнуть). Даже окончание "ка" может быть связано с другим санскр. словом ka - вода. Поэтому, слово "норка" может состоять из nīra (вода)+ ka (вода)

Что касается омографов, то они тоже могли образоваться разными путями. Например, вИна (индийский муз. инструмент) это и есть vina (инд. лютня, разновидность гитары), а, вот, слово "вина" (проступок) может быть связано с санскр. vini - отчитывать, подвергать наказанию. Здесь, возможно, взаимосвязь проступка и наказания за него.

)))Вот именно, что изменились не только гласные, но и согласные в словах. Все ваши рассуждения могут претендовать на правильность при условии, что вы сначала обоснуете, что слово ПЧЕЛА не изменилось с тех пор, как оно возникло. Слово ПЧЕЛА - древнее, поэтому нынешняя форма "пчела" - сильно изменена от первоначальной.)))

Допустим, согласные в русском языке остались прежними, а гласных в нем не так уж много. Если какая-то древняя гласная в отдельных словах русского языка звучала, например, как среднее между "е", "и" или "а", то это не такая уж сложная проблема для определения этих слов, если есть такой "застывший" язык как санскрит. Более того, если рассмотреть, например, санскр. слова cala и cela, возможно, связанные с н.-луж. соɫа (пчела) и сербохорв. чѐла (пчела), то они представляют собой разные стороны образа "пчелы". Могу высказать предположение, что сложная гласная (напр. среднее между "а" и "е") служила для объединения этих понятий.