)))Какой корень в словах коверкать, конопатить, ковылять, если ко приставка? )))

Если взять, например, слово "коверкать", то это слово уничижительное. Сравните: санскр. kava
1 форма, заменяющая ka , kA , и 1. ku , выражает обесценивание (умаление, пренебрежение) или дефицит (отсутствие чего-л., нехватку, недостаток, неполноценность.

В данном случае "ka" может выражать обесценивание, снижение стоимости, умаление, пренебрежение.

Но каким образом это "ka" может вписываться в слово "корабль"?
Ограничение пространства или свободы. В какой-то мере на корабле, находящемся в море, - как в тюрьме. Но в тоже время это "ка" применительно к кораблю, находящемуся в поиске, может соответствовать и другому значению санскр. "ka" - искать, стремиться. А так как "корабль" красив и любим моряками, то и значению нравиться, любить.

Кстати, применительно к слову "король" это "ка" может соответствовать санкр. "ka" в значении блеск, свет; богатство, изобилие; король, царь, монарх, властитель.

Походу Вы интересуетесь происхождением языковых элементов, могу порекомендовать вам на днях найденную мною книгу Черных "Древний мир сквозь призму звукосмысла". Можно почитать и книгу Павлова "Богу - парус, кесарю - флот. Опыт палеолингвистики". В интернете они есть.