...Глубоко сомневаюсь, что историческую фонетику русского языка лично вы знаете в совершенстве...

Нисколько не претендую.

...Поэтому прошу пояснить, почему, на ваш взгляд,"Я" ("а йотированное") и "а" ("а не йотированное") никак не связаны...

В слове "витязь" "я" обозгачает не "а йотированное", а "а" после мягкого согласного. Таковы уж особенности русского правописания.

Давайте посмотрим на возможность происхождения "витязя" из слова "вита" подробнее.
Предположим, что в слове вита- появился элемент -j, что-то там обозначая, но тогда ещё в праславянском языке сочетание -tj дало бы "ч", им говорили бы "вича" как в слове "свеча", происходящем от "свет".
Конечное же "-зь" говорит нам о том, что без юса там не обошлось.