С большой долей вероятности можно говорить, что столица Московского государства как минимум до времени правления Ивана III Васильевича находилась у слияния Волги и Мологи (глава «Москва в плане старой географии» из Приложения II к «Занимательной истории» http://technic.itizdat.ru/users/%D0%90%D0%9A%D0%BE%D1%80). Ныне это место затоплено водами Рыбинского водохранилища. На некоторых старинных картах в этом месте указан город Хлопигород. Однако по сообщению Герберштейна там же был расположен и Углич.

Герберштейн так и пишет: «Хлопигород, место, куда, как я говорил выше, бежали рабы новгородцев, ОТСТОИТ НА ДВЕ МИЛИ ОТ УГЛИЧА. Недалеко отсюда видна крепость, ныне разрушенная; на реке Мологе, которая течет ИЗ ЗЕМЕЛЬ НОВГОРОДА ВЕЛИКОГО (! - Авт.) на протяжении восьмидесяти миль и впадает в Волгу, при устье ее расположены город и крепость того же имени, а в двух милях оттуда, на берегу той же реки, находится лишь церковь Хлопиграда. В ЭТОМ МЕСТЕ БЫВАЕТ САМЫЙ МНОГОЛЮДНЫЙ ИЗ ВСЕХ СУЩЕСТВУЮЩИХ ВО ВЛАДЕНИЯХ МОСКОВИТА БАЗАР».
А. Т. Фоменко, Г. В. Носовский «Господин Великий Новгород».

Земли, на которых лежит современная Москва, отошли к Московскому государству только при Иване III Васильевиче. До тех пор, если и существовала на месте кремля какая-нибудь крепость, то явно меньшая по размерам и куда менее значительная. Возникает вопрос: когда столица была перенесена в Москву? Если, конечно, такой перенос действительно был. Что также вызывает определённые сомнения (смотрите Приложение II). Добавлю, что Георгий (Юрий) Васильевич, старший брат Ивана IV, получил в вотчину Углич, Мологу, Бежецк, Калугу, Малоярославец, Медынь и Мещовск. В Угличе жил наследник престола царевич Дмитрий. Существует вероятность того, что столица Московского царства находилась в Угличе вплоть до переноса её Лжепетром в Великий Новгород (Санкт-Петербург).

Не менее важно выяснить, когда Углич был окончательно уничтожен. Не вызывает сомнения то, что город при Лжепетре подвергся разорению. При Екатерине II имя Углич получил совсем небольшой городок, лежащий в 80 км к югу от старого города. Поэтому маловероятно, что к концу XVIII столетия древний Углич ещё существовал. Однако ряд странностей, связанных с походом Наполеона в Россию, можно объяснить тем, что Бонапарт зашёл несколько далее, чем принято считать.

А что же Москва? По свидетельству С. М. Соловьёва, подкреплённого словами И. Е. Забелина, московский кремль представлял собой скорее монастырь, чем царский двор. Царского дворца, как такового, в кремле не было.

Спасскія ворота — это святыя ворота Кремля, подобно святымъ воротамъ, какія находимъ въ монастырскихъ оградахъ. Историкъ С. М. Соловьевъ сравниваетъ самый Кремль съ большимъ монастыремъ. «Если рядъ загородныхъ монастырей», говоритъ онъ,"представлялъ около столицы рядъ укрѣпленій, то Кремль, царственный замокъ, жилище Великаго государя, представлялся большимъ монастыремъ, потому что былъ наполненъ большими, красивыми церквами, среди которыхъ, какъ игуменскія кельи въ монастырѣ, расположенъ былъ царскій дворецъ – пестрая масса зданiй самой разнообразной величины, разбросанныхъ безъ всякой симметріи, единственно по удобству» (Исторія Россіи, XIII, 58). Конечно, по старымъ Русскимъ понятіямъ такое сходство въ дѣйствительности могло казаться убѣдительнымъ. Благочестивая народная мысль во всякомъ случаѣ почитала Кремль въ качествѣ монастырской святыни, а потому и главныя его ворота она освятила народнымъ обычаемъ, снимая шапки, входить и выходить въ ворота съ непокрытою головою. Когда и какъ установился этотъ обычай, неизвѣстно; но, повидимому, онъ установился не по государеву указу, а именно по благочестпвой волѣ всенароднаго множества. Разсказываютъ, что въ старину кто, проходя воротами, не снималъ шапки, того народъ заставлялъ класть передъ образомъ Спасителя 50 поклоновъ.
Бывавшіе въ Москвѣ иноземцы прозывали эти ворота Іерусалимскими по тому обстоятельству, что черезъ нихъ совершалось патріаршее шествіе на осляти въ Московскій Іерусалимъ, какъ они же прозывали славный и чудный храмъ Василія Блаженнаго.
И. Е. Забелин «История города Москвы»

Возможно, что Московский кремль – это Новый Иерусалим, основанный патриархом Никоном. Иначе, зачем было возводить ещё один Иерусалим? Причём рядом с недавно построенным: Московский кремль мог быть возведён не ранее, чем за полтора столетия до начала строительства Новоиерусалимского монастыря.