Щелочная ловушка имела и свободную поверхность для поглощения углекислого газа в камере.

Камера была отсечена от жидкости пластиковым дном.Стебли проходили через дырочки в пластике. Щели герметизировались: на стыке со стенкой - герметиком, на растениях - вазелином.

С сухой массой, действительно, хорошее замечание. Которое устраняется проведением повторного эксперимента с более длительным выдерживанием растения в питательной среде.
Собстственно, он запланирован. Но под пластик теперь должны будут уходить только длинные корешки - без стебля. Иначе в случае вырастания побегов - очень трудно будет извлечь растение. Наращу корешки и побеги - и снова начну мучить растения.

В нашем же случае "опухание от голода" на одном из растений привело к появлению молодого побега.