...Не понятно "исконное" "накьндло". Если когда-то это слово было, то оно должно было где-то остаться, однако ни в одном европейском языке такого слова и близко нет...

А почему вы ищете именно слово "накьндло"? Такого рода славянское новообразование с приставкой na- и суффиклом -dlo вы вряд ли найдёте. Искать надо корень *kon/ken и он таки находится в и-е языках: греческом kainos, латинском re-cens, санскр. kanina (все в значении "молодой") и формам типа bi-ginnan, распространённым в германских языках (в значении "начинать"). Как видите, везде используются разные аффиксы.

...Слово "начало" в западных языках звучит везде по разному, а в славянских во всех как початок, зачатек, но практически везде одинаково. Так что если и происходил переход, то скорее "ча" в "кон", а не наобороть...

Как из того, что слово со значением "начало" звучит в славянских языках одинаково следует то, что "ча" переходит в "кон". И к тому же, что вызвало этот странный переход: