Фонема.
Фонемой вероятно можно назвать некий звуковой фон, окраску звука. Например звук О можно произнести разными способами, в результате чего этот звук приобретёт некую звуковую окраску. Например в Тибете ламы поют грудным голосом или рождают звук у основания глотки. Однако от этого звук О не становится другим звуком, до тех пор, пока он слышится как О. Про него можно сказать звук О с определённой окраской или фоном. Как в музыке одна и та же нота может звучать с разной звуковой окраской. В музыке как и в речи выделены некоторые звуковые величины, отличные друг от друга по своим качествам. В музыке эти звуки называются нотами. Они как и звуки речи отличаются, но в нотной грамоте их отличие фиксируют высотой или понижением тона, а так же длительностью звучания. Такая запись ведёт к более точной передачи музыкального ряда, а в записи человеческой речи она не нужна, так как может привести только к путанице и не определённости.
Звуки человеческой речи, как самостоятельные единицы очень короткие, хоть их и называют ЭС, ДЭ, ТЭ и т. д. однако звучат они коротко С, Д, Т. Их можно разделить на самостоятельные, такие как "О", "А","У", "Ы", "С", и т. д., и зависимые, которые трудно выделить, произнести отдельно от другого звука, например "Е", всегда тянет за собой звук "Э" - ЕЭ, "Я", звук "А" - ЯА, "Й" звук "И" - ИЙ. Это не значит, что этих звуков не существует, это значит что они настолько короткие, что их трудно произнести отдельно. Поэтому, их можно назвать слоговыми, так как они звучат как слоги, и могут так и записываться, например имя ТЁМА можно писать ТЁОМА, ДЕРЕВО - ДЕЭРЕЭВО. Так писать не принято, и вероятно, это правильно. Те кто придумали и довели до совершенства наш алфавит, почему-то этого не объяснили, наверное думали, что это и так очевидно (а может и объясняли), но оказывается для современных лингвиздов это далеко не очевидно, и видимо поэтому, в своих фонетических изысканиях они не как не могут договорится о звуке "Ы". А между тем, звук "Ы" является самостоятельным звуком, и его легко произнести не зависимо от других звуков.
Повторюсь, Русская речь очень хорошо разбита на основные звуки, и каждому звуку присвоен свой знак. Для передачи мягкости и твёрдости, там, где с этим не справляются другие звуки, существуют мягкий и твёрдый знак. Учение о фонемах, яркий пример бездарной деятельности лингвиздов. Они упорно стремятся разделить то, что не понимают, и может поэтому не замечают, что например, в слове ПУТАНИЦЕ, последняя буква звучит именно "Э" а не "Е". Буква "Э" придаёт стоящей перед ней букве "Ц" твёрдость, а буква "Е" делает её мягкой, что в речи не употребляется (разве что с еврейским акцентом). Но этого они упорно не хотят видеть, а вернее слышать.
Я бы предложил звуки Русской речи, классифицировать как самостоятельные, и зависимые - слоговые.

>Совершенство языка.
>
>В первую очередь язык это звук,

Звук это прежде всего речь. Фонетический язык. Рекомендую (хоть Вы и относитесь наплевательски к рекомендациям других) чётко различать эти две вещи.
Совсем несложно построить модель, в которой речь, т.е. фонетический язык, лишь новация, на пути развития языка=средства общения. По моим прикидкам, хоть и не претендую на абсолютную истину, речь очень и очень молодое явление, по сравнению с языком вообще и другими не письменными формами языка в частности.

>и чем яснее и понятнее звуки
>языка, тем он совершеннее.

Тем совершеннее речь. Язык, как информационная система, имеет другие критерии совершенства.

>В русской речи большинство звуков ясные и чистые.

У иностранцев поинтересуйтесь. У Вас в голове зашит хорошо тренированный когерентный приёмник русской речи, поэтому Вам кажется, что русская речь яснее речи других народов. Это как люди, долго работающие в шумных цехах, спокойно общаются не повышая голоса, тогда как новички с непривычки орут и не понимают, что им говорят, если не орут так же. Тут работает тот же механизм.


> Этот факт красноречиво
>подтверждает исключительное главенство и превосходство
>Русского языка, и его более длительный цивилизационный
>процесс.

Основа цивилизации, её главный механизм - дарообмен.
Собственно, этот дарообмен (единственная форма деятельности людей всегда резко отличавшая их от животных) и потребовал создания языка высокого уровня.
И длительный цивилизационный процесс, подразумевает, таким образом, больший объём полезных взаимообменов, в языке в том числе. Превосходство одного языка над другими, с цивилизационной точки зрения, состоит именно в способности участвовать в живом обменном процессе. Т.е. не в количестве буковок дело.

>Вероятно, чем чище звуки в языке, а в письменности, для
>обозначения каждого звука есть свой знак, тем совершеннее этот
>язык и длиннее цивилизационный процесс, который прошёл он и
>его письменность.
>

Цивилизационный путь, поскольку основан на дарообмене, может подкидывать сюрпризы. Вот в Японии, до середины 19-го века, вообще непонятно что было, и было ли вообще хоть что-то, однако, уже через 50 лет, японский флот, о длинном цивилизационном пути которого, говорить особо не приходится, безжалостно топит флот-наследник Чесме и Синопа, Ушакова и Нахимова и т.д.
Т.е. заимствование при дарообмене может дать молодому участнику больший импульс, чем старому. Поскольку в импульсную модель эволюции Вы так же не верите, Вам это представить трудно, однако ж примеры в истории имеются.

Если представить, что русская азбука позднее заимствование от более древних образцов, избавленное и очищенное от их недостатков и дополненное некоторыми инновациями, то все Ваши размышления окажутся мимо кассы.