>Появление населенных пунктов с корнем «волок» и обустройство
>ямских дорог в 15 веке, а так-же строительство каналов в более
>позднее время уже могут свидетельствовать о понижении уровня
>воды в реках.

Слово "волок" не говорит, что волочили именно корабли. Волочить могли только товар с одной пристани на другую.
Каналы строят не только для прохода судов. Каналы могут быть для орошения земель или наоборот, для осушения. На каналы, построенные для отвода воды от Новгорода, не обратили внимания?

>>>Волхов—Ильмень—Шелонь—Мшага—Киба—р.Луга-Финский залив
>>>от Мшаги к селам Малый Волок и Ожогин Волочек (на
> левом берегу Луги)шла выложенная бревнами дорога для
>волока судов.
>>>Местные старики утверждают, что от Малого Волока шел в
>старину деревянный настил для переволакивания судов
>>>не только до Кибы-Сабы, но и до Мшаги.

Подумайте, как часто пришлось бы чинить эту дорогу, если бы по ней и впрямь таскали корабли.

>Почему 1000 лет назад?
>Если верить Энциклопедическому Словарю Ф.А.Брокгауза и
>И.А.Ефрона (http://www.vehi.net/brokgauz/), то выходит, что
>ещё 100 лет назад по реке Мшага ходили груженые суда, а по
>реке Луге ходил пароход.

От Медведя до устья Мшаги километров 12. В энц. словаре не сказано, каких размеров были суда, и когда на них можно было сплавиться.

Мшага

— р., в старину Пшага. Берет начало в Лужском у., С.-Петербургской губ., впадает в р. Шелонь (приток оз. Ильменя). Длина 70 в. Сплав леса производится на 50 в.; начиная от с. Медведя — сплавляются груженые суда.

Луга, река в Европейской России

— берет начало из озера Риттен Новгородского уезда и впадает в Лужскую губу Финского залива. Длина течения 290 верст. По Новгородской губернии Л. протекает на 65 верст и имеет ширину от 1 до 10 саж. Во время половодья разливается до 150 сажен. Глубина ее от 2 до 17 аршин. Берега состоят сначала из ровных моховых болот, но от Жестяной горки начинают возвышаться, а от деревни Покровки становятся обрывистыми. Л. сплавная весной уже от Жестяной горки, а судоходна от Ямбурга. В 1892 г. по Л. отправлено товаров 2508 тыс. пд., а прибыло 2251 тыс. пд. Главные предметы сплава: дрова и лесные материалы. На Л. есть пороги. Самые затруднительные для судоходства пороги лежат выше города Ямбурга на ½ вер. Пороги дер. Сабско и в 12 вер. ниже ее незначительны. За 22 вер. до своего устья Л. отделяет от себя рукав Россонь к устью Наровы. Притоки Л. — Луковка, Оредеж, Левомжа, Кемка, Долгая и др. В царствование Петра I на Л. строились военные суда. Дно Л. песчано-иловатое, местами хрящеватое. Рыбный промысел незначителен. Берега Л. довольно живописны, в особенности от города Луги — на них расположены дачи и поместья. Они возвышены и образуют местами обрывы до 140 фт. над уровнем реки. По Л. ходил пароход и 144 речных судна (1893).


>Река Мшага:
>
>
>
>Река Луга:
>
>

Если река совсем пересыхает или меняет русло, очертания её берегов ещё долго напоминают о ней. Берега обмелевшей реки, естественно, тоже будут хорошо заметны. На приводимых Вами фотографиях я не вижу таких очертаний.