...Мы подозреваем, что принимая это правило, от русскоязычного читателя пытались скрыть нечто важное, а именно родственность славянского/русского с иными индоевропейскими языками...

Как-то странно пытаться скрывать то, что в профильной литературе пишется примерно на первых десяти-пятнадцати страницах, но возможно в этом и заключается всё коварство.

...Тем не менее, что мы видим на графиках НЕОБЫЧНОГО? Резкий всплеск напротив букв "Л" и "Р" на профиле как 3-го порядка, так и второго, не смотря на то, что вероятность употребления второй согласной после согласной, в русском языке и так мала...

В этом нет ничего НЕОБЫЧНОГО. Всё это не что иное как следствие т. н. "принципа восходящей звучности" и его следствия - "закона открытого слога". Вы этого не видите не только потому, что толком не знакомы с ним, но и потому, что допускаете в своем анализе несколько существенных ошибок:
Первая ошибка, очень грубая, но несущественная. Вы, по старой традиции всех форумных лингвистов, не видите разницы между звуком и буквой. Из-за этого ваши графики показывают скорее цену на дрова, чем какие-то существующие языковые взаимосвязи. Иными словами для сочетаний "к", "г", "х" и других звуков необходимо строить как минимум два графика для каждой буквы, так как за ними срываются две фонемы (без учёта позиционных вариантов). Ведь в сочетаниях "ко" и "ке" разные не только гласные фонемы, но и согласные.
Вторая ошибка, самая важная - вы подразделяете все фонемы только на "гласные" и "согласные". Что нормально для школьного курса русского языка, но неприемлемо для лингвистического анализа. А пропускаете вы класс т.н. "сонантов" - звучных согласных, способных образовывать слог, в который как раз и входят фонемы "р" и "л". По звучности они располагаются как раз между обычными шумными согласными и гласными. При перестройке общеславянского языка под действием "принципа восходящей звучности" сочетания шумный+сонант+гласная сохранялись и не перестраивались. Поэтому сочетания "кр"/"кл" и встречаются так часто. Теперь по поводу "третьего порядка". Обратимся к сочетаниям типа tort и их судьбе в восточнославянском праязыке. Под действием вышеозначенного принципа они преобразовались в torot. Таким образом получаем из "город" из общеславянского "gord". Так "р" стала выступать в качестве третьей фонемы. В ряде случаев "третья" позиция также является следствием утраты сонантами "р" и "л" возможности образовывать слог по типу "вълк"
При заимствовании слов из южнославянских языков увеличилось количество слов, где "р" выступает в позиции второй фонемы слова, так как там сочетания "tort" преобразовались в "trat". Так, при исконном для русского "город" (третья позиция) мы имеем заимствованное "град" (вторая позиция).
Дальнейшие объяснения частоты рассматриваемых позиций фонем "р" и "л" в словах уходит корнями в историю праиндоевропейского языка, структуру индоевропейского корня и большую нагрузку на сонанты при бедном индоевропейском вокализме (всего одна фонема до начала падения "ларингальных").