>"то есть мутации в нем происходят в среднем раз в 62500
>лет"
>Мне кажется, это в корне неверно, если не уточнять, что у
>одного отца - один сын. Но такой ситуации не бывает, поэтому
>цифра 62500 не должна использоваться даже для красного словца,
>потому что неверна.

Тут всё зависит от того, про какие мутации мы говорим. Если про мутации "в общем", то для эукариотических клеток (а мы - многоклеточные эукариотические организмы) этот параметер определён как 0.000000025 на каждое основание ДНК. Правда не все такие мутации проходят: если в результате будет повреждён жизненно важный ген, то такой зародыш не выживет. А вообще считается, что человеческий геном набирает где-то 64 мутации на поколение (это про тех, которые выжили).

Ну, а цифра в 62500 лет выплывала в каком-то месте у Клёсова.


>В утверждениях вычисления времени могу предположить, что
>неявным (или кто-то указывает?) образом должна присутствовать
>константа количества сыновей у отцов. Откуда она взята -
>хороший вопрос.

У Клёсова этого вообще нет. Он каждый раз говорит про "поколение" и тупо помножает на число поколений (которое получается от деления единицы на маленькую вероятность) и длительность поколения (25 лет).

Константа количества сыновей у каждого отца - это эмпирический параметр. Вот если бы наши предки, начиная от времён неандертальцев, оставили бы нам детальные записи всех рождений, браков и смертей, хоть на бересте, хоть на глиняных дощечках, то нам бы сейчас и голову бы ломать не надо было.
В подходе Клёсова молчаливо используется предположение "один отец - один сын", отсюда эти все тысячелетия.
При предположении "один отец - два сына" или "один отец - три сына" Вы получаете геометрическую прогрессию, и из суммы геометрической прогрессии можно оценить, когда же наступит первая мутация. И это случится не через 60 тыс лет, а через 200-300.

>А вообще хорошее дело - начать с физической природы мутаций.
>Чисто случайный и равномерный? исходя, пусть из радиации? Не
>думаю.


Это "нормальная" ошибка траскрипции. Молекулярный механизм время от времени ошибается...

радиация или некоторые вещества могут увеличить количество таких ошибок...


>В качестве эксперимента можно было бы сравнить скорость
>мутации одного и того же маркера у разных национальностей,
>например европейцев и папуасов.

Из общих соображений скорость мутации у тех и других должна быть одинакова, если только кто-то из них не закусывает радиоактивными мухоморами... Но, я думаю, такие публикации должны быть.


>Как же теория Дарвина о закреплении положительных признаков?
>Маркер это часть какого-то признака? Или считаем 5000 лет
>отрезком, когда закреплением положительных признаков можно
>пренебречь?

ДНК условно делится на кодирующие (гены, кодирующие белки) и некодирующие последовательности. Кодирующие последовательности очень консервативны - там одна мутация может сразу же убить организм.

В ДНК-генеалогии используются некодирующие последовательности: мутации там обычно нейтральны для организма и остаются.


>Опять же "направления" мутации же нет? Т.е. мутация
>может обратно встать в то же значение, которое было?

Мутация "взад" у них называется возвратной мутацией, и такие мутации так же следует принимать во внимание при расчётах.

>Еще такой вопрос от меня: допустим какой-нибудь маркер у
>одного человека имеет "значение" 11, а другого,
>пусть, 13. Значит ли это что произошла одна мутация (с 11 до
>13) или две (с 11 до 12, и с 12 до 13). Т.е. скорость мутации
>относиться к чему? каким-то генетическим кусочкам? Зависит от
>длины кусочков. Впрочем это можно определить чисто по уже
>накопленной в мире базе парам отец-сын.

В ДНК-генеалогии рассматривают мутации двух типов - тандемные и точечные. Точечные - это когда одно ДНК основание меняется на другое. Тандемные относятся к маркерам. Маркер - это короткая последовательность ДНК, которая повторяется несколько раз. Например, в случае маркера DYS393 это последовательность AGAT, и если, например, у Вас значение это маркера - 11, то это значит, что последовательность AGAT повторяется 11 раз, т.е. 11
В случае с маркерами мутация относится к удлиннению или укорачиванию повторяемости последовательностей.