Ставите хорошие вопросы. В качестве предисловия на одном из форумов мне встретился один человек, который очень критически относился к генетике как вычисления времени популяций, правда его аргументы я не запомнил. Так что Вы не одни, если что.

"то есть мутации в нем происходят в среднем раз в 62500 лет"
Мне кажется, это в корне неверно, если не уточнять, что у одного отца - один сын. Но такой ситуации не бывает, поэтому цифра 62500 не должна использоваться даже для красного словца, потому что неверна.

В утверждениях вычисления времени могу предположить, что неявным (или кто-то указывает?) образом должна присутствовать константа количества сыновей у отцов. Откуда она взята - хороший вопрос.

А вообще хорошее дело - начать с физической природы мутаций. Чисто случайный и равномерный? исходя, пусть из радиации? Не думаю.
В качестве эксперимента можно было бы сравнить скорость мутации одного и того же маркера у разных национальностей, например европейцев и папуасов.
Как же теория Дарвина о закреплении положительных признаков? Маркер это часть какого-то признака? Или считаем 5000 лет отрезком, когда закреплением положительных признаков можно пренебречь?
Опять же "направления" мутации же нет? Т.е. мутация может обратно встать в то же значение, которое было?

на сайте pereformat.ru Клесов ссылается на Прямую линию (https://vk.com/topic-86388164_35615940), где ему, как я понял можно задать вопросы.

Кстати, Ваши вопросы, можно попробовать задать не только Клесову, но и другим генетикам, кто ответит, только не знаю где они тусуются.

Еще такой вопрос от меня: допустим какой-нибудь маркер у одного человека имеет "значение" 11, а другого, пусть, 13. Значит ли это что произошла одна мутация (с 11 до 13) или две (с 11 до 12, и с 12 до 13). Т.е. скорость мутации относиться к чему? каким-то генетическим кусочкам? Зависит от длины кусочков. Впрочем это можно определить чисто по уже накопленной в мире базе парам отец-сын.