3. Заимствования слов могли происходить как по звучанию, так и по написанию.
Второй вариант в древности, как мне кажется, связан в основном с переводами на разные языки богословских книг. Ближе к современности, это, прежде всего, разные правила чтения для записанных латиницей научных, технических и пр. терминов.

4. При рассмотрении фонетических изменений необходимо учитывать место, время и ситуацию.
В частности, даже весьма распространенные схемы переходов одних звуков в другие не носят универсальный характер для всех времён и народов.
Не следует также слепо доверять второму основному принципу официальной лингвистики: "Если фонема А переходит в фонему О, то она переходит не в каком-то конкретном слове, а во всех решительно случаях, где она встречается" (Зализняк, "О ложной лингвистике и квазиистории")
В прошлые времена обеспечить такое неуклонное единообразие переходов способен был разве что Всевышний. Даже сейчас, когда нормы литературного языка в большей части контролируются сверху, в живой речи кто-то Акает, кто-то Окает, кто-то Гэкает.
Судя по всему, именно этот принцип заставляет лингвистов искать происхождение слова "тайга" в степях Монголии, а происхождение слова, обозначающего "снежная буря", у южных народов...

5. Помимо литературного (книжного) языка всегда существовал (и существует ныне) живой, разговорный язык.
То, что лингвисты пытаются судить о живом языке древности по памятникам письменности - логично. Больше ничего ведь и нет. Но то, что они при этом остаются в своих суждениях категоричными и нетерпимыми к альтернативным версиям, настораживает. Мягко говоря. Я даже не касаюсь вопросов датировок письменных памятников - это отдельная тема. Я говорю только о том, что реально каждый язык был в несколько (!) богаче и разнообразнее, нежели то, на чем лингвисты строят свои теории.

6. При исследовании этимологии слова, разумеется, следует отличать его корневую (соответственно, смысловую) часть от стандартных аффиксов (приставка, суффикс, окончание).
Но при этом надо помнить первый принцип официальной лингвистики: язык постоянно изменяется. Не изменяются только мертвые языки. Попытка поделить древнее слово на части по современным меркам может оказаться "ложным другом этимолога". Именно это заставляет официальную лингвистику выдумывать многочисленные исключения из правил. Например, считать, что есть слова с корнем из одной фонемы или даже вовсе без корня.