>...Разница в ударении, выделении этого звука, но от этого,
>звук "О" другим не становится...
>
>Становится. Кроме того, что "о" под ударением звучит
>сильнее и длинее "о" без ударения, но безударная
>гласная отличается от ударной, к примеру, по такому признаку
>как подъём.
>

Если становится, то это уже другой звук.
Звук "О" самостоятельный звук, его легко произнести громко, тихо, долго, с ударением - выражено и без ударения и он при этом не меняется, в отличии от звука "Ё" произнести который, без звука "О" трудно, так как в конце звука "Ё" всегда слышится "О". Сравнивать приводя примеры с этими звуками, недопустимо.
В словах "стоят ДОМА" и "к ДОМУ", разница звука "О" только в долготе и акценте. Я ещё раз повторяю, алфавит это не нотная грамота для записи музыки. Если лингвистика хочет изучать звуки Русской речи, их отличие, то им надо придумать специальный способ записи звуков, на подобии музыкальной грамоты, где записываются все звуковые отличия, а потом проводить исследования типа, Партия церковного служащего Вологодской области и её отличие от Саратовского крестьянина. Я бы сказал, в современной лингвистической школе "Не все дома", они не понимают, какие им достались язык и письменность и их отличие и преимущество перед другими существующими.


>Представьте, что есть в некоем языке гласный "о1",
>который произносится как в русском, другой "о2",
>который оличается от "о1" долготой

Представлять некий язык не надо. Мы говорим о конкретном Русском. В птичьем языке все эти трели тоже что то значат, ну и что? В несовершенных и неразвитых языках, грамматиках и способах записи речи, могут быть какие угодно казусы.