Первый сантиметр начинается с нуля и кончается единицей. Все значения первого сантиметра обозначаются числами. Например, ноль целых пять десятых сантиметра. Или ноль сантиметров пять миллиметров.

Всё правильно. В системе счисления всегда указывается целое число единиц (для каждого разряда), которые составляют искомое число. Ничего необычного здесь нет.

Первый год начинается с единицы и кончается двойкой.

А что Вы сделаете с "отрезком" <0, 1)? Когда про Вас ещё маленького говорили, что Вам столько-то месяцев, то какой это был год Вашей жизни: первый или "нулевой"? Я думаю, что первый. Хотя Вам и было 0 (ноль) [целых> лет, но это --- из совсем другой оперы!

И ничего не обозначается правильным числом.

Очень сильное заявление. Может, Вы докажете что путаница была в самом изначальном установлении системы? Но, как только система координат определена (определена точка отсчёта и определёна длина годового отрезка), Вы, при обозначении порядковых номеров отрезков никогда не столкнётесь с нулевым отрезком. А ноль (нуль) --- это математическая абстракция, которая служит и для обозначения точки отсчёта, и для обозначения целого числа лет, прошедших с какого либо события, и в астрономии, для обозначения исторического 1-го века ДО нашей эры...

30 апреля 2006 должно иметь обозначение 2005 лет 3 месяца 29 дней.

Может, Вы будете последовательным и напишете: "2005 лет, 2 месяца, 28 дней"?

И никакая это не лингвистика, обычная арифметика.

С которой кто-то явно не в ладах. (У меня всегда были проблемы с устным счётом, но не такие же!)

Когда Вы смотрите на цифровые часы, там ведь не пишется "пять минут пятого", а пишется 16.05.

Всё правильно: 16.05 означает, что 5 минут уже прошло, и начинается 6-ая минута пятого (то есть: к пяти).

На моих часах написано: 2006 04 30 17:12 . А должно быть 2005 03 29 17:12. То есть часы и минуты указываются верно, а дата - нет.

А человеческое восприятие так и устроено: оно помнит что и каким образом интерпретировать и всегда помнить о принятых соглашениях. Если же всё время забывать об этом, то можно много чего "придумать" и "предположить". Чем, я смотрю, и занимаются новохронологи: ищут ложные закономерности и, что самое удивительное, находят их (!), потом радуются и "потешаются" над "традиками"...

Привычка считать время по номеру периода, а не по реальному числу, исходит из тех же причин, что и религия в целом.

Ась?

Поэтому представить себе ноль не могли очень долго. Вот это и есть нестыковка летосчисления с десятичной системой мер.

Так Вы про нестыковку и не объяснили. В кусты захотелось? Понимаю...